- С 1 октября 1955 года на основании приказа № 172 от 11 июля 1955 года Главного управления гидрометеорологической службы при Совете Министров СССР была организована ГИДРОМЕТЕОРОЛОГИЧЕСКАЯ ОБСЕРВАТОРИЯ ЧЁРНОГО И АЗОВСКОГО МОРЕЙ.
- С 15 января 1971 года на основании приказа Государственного океанографического института № 6 от 15 января 1971 года Гидрометеорологическая обсерватория Чёрного и Азовского морей переименована в ЛАБОРАТОРИЮ ЮЖНЫХ МОРЕЙ ГОСУДАРСТВЕННОГО ОКЕАНОГРАФИЧЕСКОГО ИНСТИТУТА.
- С 01 июля 1973 года на основании приказа Государственного океанографического института № 21 от 09.07.1973 года Лаборатория Южных морей Государственного океанографического института переименована в СЕВАСТОПОЛЬСКОЕ ОТДЕЛЕНИЕ ГОСУДАРСТВЕННОГО ОКЕАНОГРАФИЧЕСКОГО НСТИТУТА.
- В связи с передачей организаций бывшего Госкомгидромета СССР, расположенных на территории Украины в подчинение Госкомгидромета Украины и в соответствии с приказом Госкомгидромета Украины 189 от 23.12.1991г., также приказом № 33 от 02.03.1992г., бывшее Севастопольское отделение Государственного океанографического института преобразовано в МОРСКОЕ ОТДЕЛЕНИЕ УКРАИНСКОГО НАУЧНО- ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКОГО ГИДРОМЕТЕОРОЛОГИЧЕСКОГО НСТИТУТА.
- С 01 апреля 2014 года по приказу федерального государственного бюджетного учреждения «Государственный океанографический институт имени Н.Н.Зубова» № 16 от 01.04.2014г. в городе Севастополе создано обособленное подразделение с полным названием «Севастопольское отделение федерального государственного бюджетного учреждения «Государственный океанографический институт имени Н.Н.Зубова».
Сокращённое название СО ФГБУ «ГОИН».